Esta línea investiga en el campo de los de agentes infecciosos analizando características de la pared celular responsables de su potencial infeccioso, la efectividad de la antibiticoterapia y la mejora de la calidad clínico-asistencial de enfermedades infecciosas. También investiga sobre bacteriemias hospitalarias, con especial atención a enterobacterias, micobacterias, nocardia y corinebacterias u otros microorganismos como leishmania y Tripanosoma Cruci y en evaluación de antibióticos hospitalarios y antifúngicos. Su investigación se concreta en las siguientes sublíneas:

1. Bacteriemias y resistencia antimicrobiana.
2. Lipidómica de envoltura micobateriana.
3. Enfermedades por tripanosomátidos y su respuesta a terapéutica.
4. Papel de los protozoos de vida libre en enfermedades infecciosas emergentes.
5. Uso de antibióticos hospitalarios.